Urodził się 5 czerwca 1959 r. w Pilźnie (diecezja tarnowska). Do szkoły podstawowej uczęszczał w rodzinnej wiosce Słotowa. Już „jako uczeń szkoły podstawowej w Słotowej, wyróżniał się pięknymi i szlachetnymi rysami charakteru” – wspominał były proboszcz pilzneńskiej parafii ks. Julian Galas. „Jako mały chłopiec był gorliwym ministrantem, a później lektorem. Choć odległość od jego rodzinnego domu w Słotowej do kościoła w Pilźnie wynosiła około 7 km, zawsze był obecny w wyznaczonych dniach służenia do mszy św. Swoją postawą i przykładnym zachowaniem był zbudowaniem dla innych chłopców, a nawet dorosłych. Czasem słyszałem, jak mówiono: «ten ministrant powinien iść do seminarium, na pewno będzie dobrym i pobożnym kapłanem». Zaś proboszcz jego rodzinnej parafii ks. Stanisław Saj wspomina o pewnym wydarzeniu opowiedzianym mu przez kolegę Janka. „Otóż szli zimową porą przez pola do służenia podczas mszy św. W grupie tych ministrantów był Janek. W pewnym momencie Janek ściąga czapkę z głowy i z wielkim przejęciem podaje ją koledze, który szedł bez czapki. Dziś po tylu latach kolega wspomina ten drobiazg i odczytuje go już w świetle tego wielkiego znaku, męczeńskiej śmierci księdza Jana i stwierdza krótko: «Janek już wtedy był taki dla drugich»”.
Do liceum uczęszczał w Pilźnie, gdzie 2 czerwca 1978 r. złożył egzamin dojrzałości. Zamiłowanie do pracy misyjnej okazywał już w czasie pobytu w Seminarium Duchownym w Tarnowie (1978-1984), kiedy pełnił funkcję prezesa kleryckiego koła misyjnego. Po ukończeniu studiów seminaryjnych, z tytułem magistra teologii, 27 maja 1984 r. przyjął w tarnowskiej bazylice katedralnej sakrament święceń prezbiteratu. Jego pierwszą i jedyną placówką duszpasterską w Polce, gdzie podjął funkcję wikariusza, była Bobowa (od 26 czerwca 1984 do 27 lipca 1988). Był blisko ludzi. Odwiedzał chorych. Wiele pracował z młodzieżą. Zorganizował grupę teatralną. Młodzież zabierał często w góry. Ciągle jednak myślał o misjach.
Stosowna chwila nadeszła po śmierci mamy w 1988 r. (tato zmarł, gdy Jan był na pierwszym roku w seminarium). Jego starszy brat Stanisław wspomina, że po uroczystościach pogrzebowych mamy Jan powiedział mu, że coś musi się zmienić. W dwa tygodnie po pogrzebie oznajmił bratu, że zamierza wyjechać do Afryki na misje. Udał się więc w tym celu do biskupa Jerzego Ablewicza. Odpowiedź brzmiała: „Jesteś jeszcze za młody. Musisz popracować tutaj, ale ostateczną decyzję podejmę po uroczystości Zesłania Ducha Świętego”. Brat księdza Jana wspomina: „W poniedziałek po tej uroczystości, ok. godz. 1100, Jan przyjechał do mnie do pracy i oświadczył, że wyjeżdża na misje. Otrzymał zgodę arcybiskupa. Z taką wielką radością wszedł do zakładu, że w bramie nawet nie zauważył strażnika i podnosząc do góry ręce objął mnie. (…) Całe wakacje spędził w gronie rodzinnym, wyruszając tylko na pieszą pielgrzymkę do Częstochowy”.
Roczne przygotowanie do pracy w Kongu Brazzaville odbył w Centrum Formacji Misyjnej w Warszawie. W dniu 2 czerwca 1989 otrzymał krzyż misyjny z rąk abp. Jerzego Ablewicza. Wyjechał do Konga Brazzaville i rozpoczął pracę na misjach. Pracę zaczął w Mindouli (1989-1992). Następnie przeniósł się do pobliskiej parafii św. Tomasza Ap. w Loulombo (1992-1998), gdzie od 1994 r. był proboszczem.
Jako misjonarz uświadamiał innym, że dla Jezusa warto zostawić wszystko. Podczas ostatnich wakacji spotykał się z wieloma ludźmi. Spotkał się między innymi z obecnym biskupem Leszkiem Leszkiewiczem, wtedy księdzem z dwuletnią praktyką duszpasterską. Biskup, który był uczniem księdza Jana w szkole średniej, wspomina o tym, co ksiądz Jan z radością mówił do niego podczas ostatniego urlopu: „Nie pogadamy dziś wiele, ale zostaw to wszystko, co tu masz i przyjedź na misje, bo to dobrze tak coś więcej popracować, zanim się odpocznie”.
Posłanie na pracę misyjną do Republiki Konga i wręczenie krzyża misyjnego miało miejsce w dniu 2 czerwca 1989 roku. Posyłającym był ówczesny biskup tarnowski abp Jerzy Ablewicz, który wtedy wypowiedział znamienne słowa: „To jest uroczystość, która posiada specjalną wymowę, bo w tej chwili w jakiś szczególny sposób urzeczywistnia się Boży plan”. Ten Boży plan zaczynał się już wtedy, gdy ksiądz Jan – jako prezes koła misyjnego w seminarium duchownym – ukazywał swoją wielką pasję dla misji. O pracy na misjach marzył. Od początku w nich chciał dopełnić swego szczęścia. To było jego szczęście, które włączył w realizację Bożego planu!
Wakacje spędzał w swojej rodzinnej tarnowskiej diecezji. Ostatni urlop był jednak specyficzny. Z kimkolwiek się spotykał, zapytany, mówił o trudnej sytuacji na kongijskiej ziemi. W zamian słyszał słowa odradzania powrotu. Wszyscy jego rozmówcy, zdający sobie sprawę z trudnej sytuacji, jakby się umówili i jednoznacznie wzywali go do pozostania w Ojczyźnie. Gdy jeden z kolegów radził mu, aby przeczekał wojnę i dopiero po jej całkowitym ustaniu wrócił do Konga, on bez wahania odparł: „Jeśli zginę, pójdę prosto do nieba”.
Podczas ostatniego urlopu, jak zawsze, odwiedził swoją pierwszą i ostatnią parafię w Bobowej, gdzie był wikariuszem. Jedna z jego parafianek przeprowadziła z nim wywiad do miejscowego biuletynu parafialnego. Wyznał w tym wywiadzie publicznie: „Ta misja w Loulombo jest moja, jest moją misją z wyboru. (…) Żyję ich życiem, a oni żyją moim. (…) Moje serce zakorzeniło się tam”. Marzył więc o pokoju dla nich i dla siebie, w intencji pokoju odmawiał codziennie wraz z parafianami cząstkę różańca. W swoim rejonie był wieceprzewodniczącym komitetu rozbrojeniowego. Dokładnie dwa dni przed śmiercią w liście do ks. Andrzeja Kurka, byłego proboszcza w Loulombo, pisał: „Już znudziło mi się o tym pisać i tym żyć, chciałoby się normalnego życia w spokoju”. W liście tym znajdujemy też słowa, które pieczętują jego miłość do każdego bez wyjątku człowieka z Loulombo: „Zostaję na miejscu do końca”. Są to jednocześnie słowa testamentu, wyrażające nie tylko chęć pozostania w dobrej i złej doli z jego afrykańskimi braćmi, ale obfitujące w „miłość do końca”. Te słowa: „Zostaję na miejscu do końca” posłużyły jako tytuł filmu i książki. W niej każdy rozdział mówi o radykalnym oddaniu się Chrystusowi, którego ksiądz Jan dostrzegał w kongijskich braciach, pozostając z nimi na zawsze.
Powrót do swoich braci Kongijczyków był więc wyborem. Świadomy powrót był zdecydowanym ryzykiem potencjalnej śmierci. „Pisząc ten list, nie jestem pewny jutra” – takie słowa umieścił ksiądz Jan w pierwszym zdaniu wspomnianego listu, pisanego na dwa dni przed tragicznym wydarzeniem. Te obawy widocznie narastały w nim w miarę zbliżania się śmierci. Aż trzy razy rozmawiał z siostrami o swoim ewentualnym odejściu z tego świata. Siostra Ancilla, Holenderka, która z nim współpracowała, wspomniała po tragicznym wydarzeniu jego słowa. Jakby prorocze!? Mówił: „Być może umrę jak męczennik”. W niedzielę na dwa dni przed śmiercią, aby ustrzec księdza Jana przed grożącym niebezpieczeństwem, poproszono go, by oddalił się od parafii. Ksiądz Jan odmówił tej prośbie, uzasadniając swoją decyzję troską o wiernych, których nie chciał opuszczać: „Jeżeli opuszczę Loulombo, chrześcijanie również uciekną. Lepiej zostać i umrzeć wśród moich parafian”.
Potencjalna śmierć była tak bardzo obecna w jego sercu i umyśle, że prosił siostry nawet o sposób pochowania. Podczas ostatniego obiadu, który miał miejsce u sióstr, w południe, rozmawiali o papieżu Janie Pawle II. Wtedy ksiądz Jan zauważył: „Papież z pewnością chciałby, żeby jego pogrzeb był bardzo prosty. Gdy ja umrę tutaj, nie odsyłajcie mojego ciała do Polski, ale pochowajcie je tutaj, obok groty, w trumnie z białych desek”. Czyżby wiedział, co go spotka? Godzinę po tych słowach był już męczennikiem za pokój.
Rankiem 27 października 1997 r. sytuacja stała się bardzo niespokojna. Ksiądz Jan, znowu został poproszony, aby opuścił wioskę, ale znowu na próżno. Po obiedzie, ok. 12.45 pojawiła się w parafii pierwsza grupa „Nindża” (ludzie starającego się o tron prezydencki Bernarda Kolélasa). Było to 15 brudnych mężczyzn. Kazali oddać broń, która według nich była ukryta na plebanii. Przeszukali cały dom, ale oczywiście nic nie znaleźli. Po krótkim czasie pojawiło się kilka osób z ich szefem, który okazał się za moment mordercą ks. Jana. Swoim zachowaniem zaprzeczali stosunkowo łagodnemu zachowaniu poprzedników, będąc agresywni. Próbowali grozić, aby zmusić do oddania broni. Kiedy między księdzem Janem a bandytami doszło do wymiany zdań, w których morderca domagał się broni, ksiądz Jan, stojąc blisko na wprost jednego z nich, powiedział głośno: „Nie przybyłem do Konga, aby zachęcać do wojny, ale do pokoju”. Za chwilę napastnik oddał jeden i drugi strzał i ksiądz Jan padł nieżywy na ziemię.
Ksiądz Jan został zastrzelony tuż przed plebanią. Wszyscy mieszkańcy wioski znają dobrze to miejsce. Pogrzeb, po tradycyjnym opłakiwaniu zmarłego, odbył się na drugi dzień w obecności kilkunastu osób. Zupełnie przypadkowo obecny był jeden z księży rodaków z Lulombo, który przebywał w wiosce odwiedzając swego chorego ojca. On więc przewodniczył modlitwom. Pochowano księdza Jana – jak sam o tym mówił, gdy śmierć zaglądała mu w oczy – w trumnie z jasnych desek. To najtańszy materiał, który szybko ulega zniszczeniu.
W tym wszystkim niezwykłego znaczenia nabiera nie tyle sam fakt śmierci, poniesionej z rąk człowieka, wyzbytego odruchów człowieczeństwa, ile jej świadomość. Jeszcze jednym jej potwierdzeniem są słowa księdza Jana, wypowiedziane dwa dni przed śmiercią, które mówią wszystko: „Jestem księdzem i swoje życie oddałem Bogu. Jeśli Bóg zechce, abym złożył świadectwo przez moją śmierć – nawet gdybym zanurzył się w głęboką wodę i tam się ukrył – poniosę śmierć. Przecież ja nie jestem panem swojego życia”.
Ks. Krzysztof Czermak